如果说《性命圭旨》仅仅从主题和人物方面是《西游记》小说的文化原型还不够,那么我们还能举出更加有力的证据来:小说的结构也是按照《性命圭旨》安排的。
　　不仅如此,小说的整体结构也是依照《圭旨》而来。我们先看一下孙悟空故事的前八回与《性命圭旨》的关系:《圭旨》除了元集讲宗旨外,亨、利、贞三集主要讲修炼丹法的过程和火候。亨集三节讲炼精化气:第1节是《涵养本源救护命宝》。石猴进水帘洞而心居心窝称美猴王,“灵根育孕源流出”,是《涵养本源》;他怕死而西行求法,“心性修持大道生”,是在《救护命宝》;悟空得法学成变化,是《退藏沐浴》,“悟彻菩提真妙理”;东归后扫灭混世魔王,是在《玉液炼形》,“断魔归本合元神”。第2节是《安神祖窍翕聚先天》。悟空坚守水帘洞,修整兵马,是《安神祖窍》;到傲来国窃兵器,是《**自转》;由洞中直下至水晶宫,是《龙虎交媾》;得了金箍棒,是《翕聚先天》而“四海千山皆拱伏”。第3节是《蛰藏气穴众妙归根》。悟空醉后进入幽冥界,是《蛰藏气穴》;消掉群猴的生死籍,摄归1350魂字号,即是《众妙归根》而“九幽十类尽除名”。
利集三节讲炼气还神:第4节是《天人合发采药归壶》。孙悟空想上天,太白金星下来招安,即《天人合发》;做了“弼马温”嫌官小又打下天宫,二独角鬼王（圭）献上“赭黄袍”,是《采药归壶》,“官封弼马心何足”;众天神围困花果山,是《聚火载金》。第5节为《乾坤交媾去矿留金》。天神哪吒等与悟空战斗,是《乾坤交媾》;打败诸天,却独留太白金星饮宴,是《去矿留金》;做了“齐天大圣”却周游诸天,是《卯酉周天》,“名注齐天意未宁”;第6节为《灵丹入鼎长养圣胎》。悟空在天宫偷桃、偷洒、偷丹,反归水帘洞中,是《灵丹入鼎》,“乱蟠桃大圣偷丹”;被诸天神围困,是《长养圣胎》,“反天宫诸神捉怪”;观音菩萨赴会,是《火候崇正》;她令木叉去打仗放火,是《内观起火》,“观音赴会问原因”。
　　贞集三节讲炼神还虚。第7节为《婴儿现形出离苦海》。观音推荐二郎与悟空赌斗变化,让天王用照妖镜逼悟空现形,是《婴儿现形》,“小圣施威降大圣”;被太上老君用金钢琢击中天灵,擒上天不再返回,即《出离苦海》;众天神雷将用火烧雷打,却使悟空成为“金刚不坏”之躯,是《真空炼形》。第8节为《移神内院端拱冥心》。太上老君把悟空领入自己的“八卦炉”（头颅上有八片顶阳骨）锻炼,即《移神内院》;悟空蹬倒八卦炉是《阳神出现》,“八卦炉中逃大圣”;但他要做玉皇大帝,就是流连自己的内院不出神而入虚,是修道者的大忌,所以要请代表寂灭心的如来佛。如来伸出右手跟他打赌,他收了铁棒站在佛祖手心,是《端拱冥心》。第9节为《本体虚空超出三界》。悟空始终跳不出如来佛掌心,是《本体虚空》;佛祖一把掌把他推出西天门外,是《超出三界》;悟空由人界打到地界,又由地界打到天界,最终被如来压于五行山下,就是“五行山下定心猿”;佛祖回到西天便造出佛经,“我佛造经传极乐”,就是《毗卢证果》。
　　悟空的情形如此,唐僧的修炼也不例外。只是他的过程较长,而《性命圭旨》却只有9节,这样以来,小说就必须用数回来表现1节,或者将《圭旨》重复演绎,于是从第8回的下部分开始,一直到100回结束,都是对《圭旨》的艺术再现而已。
　　总之,从结构上我们也可以看出二者之间的源流关系来。最后,我们还必须再交待一下这两部著作的版本情况:
《性命圭旨》的最早刊本是明万历乙卯（公元1615）年由吴思鸣和丰干居士刻的,余永宁的《刻性命圭旨缘起》云:“里有吴思鸣氏得《性命圭旨》于新庵唐太史家。盖尹真人高弟所述也。藏之有年,一日出示丰干居士。”王重民先生《中国善本书提要》云:“《性命圭旨》四卷,明万历间刻本。按是书相传为尹真人弟子述其师说,旧藏唐新庵家,其甥吴之鹤为付剞劂。”由刊刻前的“藏之有年”来看,至少也有一二十年的光景,可见吴氏从唐家取得时在万历二十年前后。而且,唐家藏此书又有几多年？那么是做过太史之官的唐新庵所作的吗？都是谜。但是,因为书中引用的有嘉靖中的罗念庵的言语,可见此书的成书年代为嘉靖末年、万历初年
　　《西游记》现存的最早刊本是万历二十年（公元1592）年的金陵世德堂刊本,书名为《新刻出像官板大字西游记》,书前有陈元之的《西游记序》云:“西游一书,不知其何人所为。……旧有序,余读一过,亦不著其姓氏作者之名。……唐光禄既购是书,奇之。”可见唐光禄所购的书,应该是手稿或者旧刻无像私板小字的《西游记》,因此这部书稿的成书年代也应该在嘉靖末、万历初年。
　　从版本学的角度讲,这两部书的年代非常接近,内容又如此的吻合,不过一为金丹大道的思想理论体系,一为其文学艺术的表现而已。由此,我们不难想像这两部书的作者很有可能是一个人,或者至少应该是志同道合的朋友。当然,这只是我们的推测,还有待于专家学者们的研究和考证。但是,《西游记》演绎了《性命圭旨》,或者说《性命圭旨》是《西游记》的文化原型,的确是不容置疑的。