妙木山是一个脱离了忍者世界的自然之地，也是忍者修炼仙人体的极佳地点，《木叶传说》中的妙木山修行也有同等功效，获得大量的奖励，提升自己的实力。
　　玩家在完成50级主线任务后开放妙木山修行系统，玩家可以在世界地图的下方找到修行的入口，通过不断挑战敌人来赢取妙木山令牌、魂之结晶、初级修炼卷轴和钱袋等奖品，妙木山令牌是修行商店中不可或缺的兑换货币。修行商店的刷新和兑换都需要妙木山令牌，每天最多刷新20次商品列表，随着刷新次数上升，每次消耗的令牌也会增多。每次刷新可以有几率刷出如金色忍者卡、魔石宝箱等稀有物品。

　　妙木山修行每日可通关一次，V7及以上的玩家有一次重置机会。挑战过程中，随机遇到的玩家战力将根据前一天比武场19点30分的数据来分配的，如果击败NPC，损失的血量是保留到下一场的，而如果挑战失败，玩家可以花费银币来复活自己，可复活的次数取决于VIP等级，随着复活次数上升，消耗的银币也会增多，当然继续挑战时NPC的血量也是保留了上一场结束时的状态。