阵型配置是完成3级主线任务后开放的基础功能，玩家可以通过屏幕下方的图标打开界面。若想要战斗时事半功倍，就得学会根据敌人的阵型来调整我方忍者的出场站位。

　　原本共有七种阵型供玩家选择：1、基础阵法；2、禁锢之阵；3、八卦阵；4、赤炎之阵；5、猪鹿蝶阵；6、卍字阵；7、四炎紫阵。普通阵法的忍者出阵位开放条件，等级越高开放越多；（20级可以上阵3个忍者，40级可以上阵4个忍者，50级后则没有上阵人数限制，但是最多人数还是受限于阵形的最大上阵人数）；
　　将棋系统会产出新的阵型“六道轮回阵”，能够进一步提高忍者上阵数至6人。以及木叶宝盒活动中能产出“七星阵”，更能将忍者上阵人数提至7人。

　　默认的七种阵型的可用站位是随着玩家的等级提升而开放的，且不同阵型的不同站位会给角色带来不同的加成。而更为重要的是六道轮回阵可以花费银币升阶以继续提高属性加成，由于升阶时有失败的可能性，为提高升阶的成功率就需要消耗阵法残卷，一次最多可放入5个残卷，品质越好的残卷增加的成功率就越多。